El Parador de Alcalá de Henares ocupa un magnífico edificio del siglo XVII.
El edificio era un antiguo colegio-convento de dominicos de Santo Tomás que, junto a las Hostería del Estudiante, situada en el antiguo Colegio Menor de San Jerónimo, fundado por el Cardenal Cisneros en 1510 y con maravillosas vistas al Patio Trilingüe de la Universidad de Alcalá de Henares, forman parte del conjunto monumental de la ciudad complutense considerado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO en 1998.
En torno al claustro del Colegio de Santo Tomás se ubican el restaurante, cafetería, comedor de desayunos, salón de clientes, y bar de noche. Su oferta de restauración se complementa con el restaurante de la Hostería del Estudiante situado en el Colegio de San Jerónimo. En la Hostería se puede disfrutar de una variada oferta gastronómica en la que no faltan las alusiones a la cocina cervantina ni por supuesto las famosas costradas de Alcalá.
Las habitaciones están provistas de cama dobles o extra grandes, cuarto de baño con ducha, bañera y secador de pelo, teléfono de línea directa (de pago), TV, radio, conexión a Internet, minibar, caja fuerte, aire acondicionado regulable y calefacción, zona de estar y balcón o terraza.
Se puede disfrutar de piscina al aire libre con bar, así como de la terraza con tumbonas y sombrillas. El campo de golf más cercano, El Encín, está a unos 15 km de trayecto (se pagan los derechos de juego).